Sonoko mời Conan, Agasa, Ran, Kogoro và Đội thám tử nhí đến lễ khai mạc ở tầng quan sát của tháp Bell Tree do Tập đoàn Tài chính Suzuki xây dựng. Trong khi đó, ở tòa nhà đối diện có một tên bắn tỉa đã bắn vào một người khách, Hiroaki Fujinami – một tên chuyên dụ dỗ khách nước ngoài để khiến họ mua những tòa nhà chất lượng thấp với giá cao. Conan đã thấy được nghi phạm, nên đã đuổi theo hắn cùng với Sera. Khi qua cầu và bị cảnh sát đuổi theo, Hắn đã thả qua bom cho nổ những chiếc xe tuần tra của cảnh sát, đuổi theo sau đó là FBI gồm Jodie, James Black và Camel, Conan và Sera chạy trước bằng xe máy. Khi tới đường cùng, Jodie đã bất đắc dĩ dùng súng để bắn Nghi phạm đồng thời làm cho chiếc xe chứa bom của Hắn nổ tung, khiến Hắn bị hất rơi xuống vịnh Tokyo. Cảnh sát Thủ đô Tokyo và FBI sau đó kết luận Hắn chính là Timothy Hunter, một lính bắn tỉa trong lực lượng SEALS cũ và là người được vinh danh nhận huy chương Ngôi Sao Bạc nhưng đã bị tước đoạt sau đó do xã súng vào dân thường. FBI tin rằng Hunter cũng đã cố giết hai cựu quân nhân Mỹ là Jack Waltz và Bill Murphy – được cho là kẻ đã dựng chuyện khiến cho Hunter bị tước đoạt danh hiệu, và một người dân bản địa khác, Hitoshi Moriyama – kẻ đã huỷ hôn khiến em gái Hunter tự tử.

Cuộc điều tra của FBI cho thấy Hunter có thể đã được cung cấp thiết bị từ 3 Nghi phạm đồng lõa khác là Scott Grean, Kevin Yoshino hoặc Mark Spencer, tất cả đều là cựu quan chức quân sự Mỹ hiện đang sinh sống tại Nhật Bản. Trong khi cuộc điều tra đang diễn ra, Moriyama bị bắn chết, và cùng lúc Hunter cũng bị giết theo. Truyền thông tung tin đồn rằng việc bắn tỉa gần đây có thể là một sự lựa chọn ngẫu nhiên, Hung Thủ có thể bắn bất cứ ai, điều đó tạo ra sự hỗn loạn cho công chúng. Cùng đêm đó, Murphy ở Nikko với Waltz đã được yêu cầu đến Tokyo bằng bức thư do Mark Spencer viết. Để ngăn chặn vụ ám sát Murphy trên tàu, Conan đã cố gắng để chặn đường Thủ Phạm nhằm báo hiệu cho Murphy biết nhưng lại bị Hắn nhắm bắn ở sau lưng. Sera đã bị thương trong khi cố gắng đẩy Conan ra khỏi tầm ngắm và được đưa đến bệnh viện trong khi Murphy cuối cùng vẫn bị giết.

Cảm thấy như mình đã được an toàn và cũng được các quan chức quân đội Mỹ tại Nhật Bản bảo vệ, Jack Waltz đã cố tìm mọi cách để giết tên Hung Thủ thật sự. Nhưng Waltz lại không biết, chính mình mới là mục tiêu cuối cùng của Hung Thủ - Kevin Yoshino. Yoshino đã từng là học viên của Hunter và hai người đã cùng lập ra kế hoạch trả thù Waltz và Murphy vì cố ám sát Hunter trong suốt trận chiến ở Trung Đông để kiến cho Hunter sẽ không được nhận Ngôi Sao Bạc. May thay, Hunter sống sót sau vụ đó nhưng bị thương nặng. Conan, người đã nhận ra rằng Waltz sắp bị giết, đã đưa Waltz đi trước, khiến Yoshino đang bắn tỉa từ tháp Bell Tree để chuyển mục tiêu. Trong khi đó, ở một tòa tháp phía xa, một tay bắn tỉa bí ẩn - Subaru Okiya đã bắn Yoshino, khiến Hắn bị sốc nhờ khả năng bắn tẩm xa của mình, điều chỉ có thể thực trong FBI của Mỹ. Yoshino đi trên boong quan sát của tháp Bell Tree và bắt Ayumi làm con tin. Trong khi Yoshino đang chiến đấu với FBI, Subaru đã cố gắng bắn hạ gục Yoshino từ xa, nhưng lại bị hắn tắt hết đèn và dùng kính hồng ngoại để tẩu thoát. Conan, đã nhận ra kế hoạch của Subaru, đã dùng Dày Tăng Lực đá quả bóng từ phía xa bay đến gần tháp và nổ thành pháo hoa (phát mình mới của Tiến Sĩ Agasa trong tập Movie này), do kính hồng ngoại của Yoshino là kính thời xưa nên không thể nhìn thấy khi gặp ánh và giúp Subaru có thể bắn và làm rơi vũ khí của Yoshino, dọn đường cho Ran và FBI đưa Hắn đến nhà tù. Subaru sau đó đã trả lời cuộc gọi của James Black, trưởng nhóm FBI ở Nhật Bản, với giọng của Akai Shuichi.